Główną jednostką organizacyjną administratora w Unii powinno być miejsce, w którym znajduje się jego centralna administracja w Unii, chyba że decyzje co do celów i sposobów przetwarzania danych osobowych zapadają w innej jednostce organizacyjnej administratora w Unii, w którym to przypadku za główną jednostkę organizacyjną należy uznać tą drugą jednostkę organizacyjną. Główną jednostkę organizacyjną administratora w Unii należy określać na podstawie obiektywnych kryteriów; powinna ona oznaczać skuteczne i faktycznie zarządzanie za pośrednictwem stabilnych struktur polegające na podejmowaniu najważniejszych decyzji co do celów i sposobów przetwarzania. Kryterium to nie powinno zależeć od faktu, czy przetwarzanie danych osobowych odbywa się w tej lokalizacji. Obecność i wykorzystywanie środków technicznych i technologii do przetwarzania danych osobowych lub do czynności przetwarzania nie stanowią same w sobie o głównej jednostce organizacyjnej, nie są więc kryteriami decydującymi o jej określeniu. Główną jednostką organizacyjną podmiotu przetwarzającego powinno być miejsce, w którym znajduje się jego centralna administracja w Unii, a jeżeli nie ma on centralnej administracji w Unii – miejsce, w którym odbywają się główne czynności przetwarzania w Unii. Jeżeli sprawa dotyczy zarówno administratora, jak i podmiotu przetwarzającego, właściwym wiodącym organem nadzorczym powinien pozostać organ nadzorczy państwa członkowskiego, w którym administrator ma główną jednostkę organizacyjną, ale organ nadzorczy podmiotu przetwarzającego powinien być uznawany za organ nadzorczy, którego sprawa dotyczy, i powinien uczestniczyć w procedurze współpracy przewidzianej w niniejszym rozporządzeniu. Organy nadzorcze państwa członkowskiego lub państw członkowskich, w których podmiot przetwarzający ma co najmniej jedną jednostkę organizacyjną, nie powinny być w żadnym przypadku uznawane za organy nadzorcze, których sprawa dotyczy, jeżeli projekt decyzji dotyczy wyłącznie administratora. Jeżeli przetwarzania dokonuje grupa przedsiębiorstw, za jej główną jednostkę organizacyjną należy uznać główną jednostkę organizacyjną przedsiębiorstwa sprawującego kontrolę, chyba że cel i sposoby przetwarzania określa inne przedsiębiorstwo.